هي برامج متنوعة ومتكاملة وواقعية في مسجد، تلبي الاحتياجات وتؤدي الغرض، فمن هذه البرامج ما هو أساسي وإلزامي في تعليم الطالب أمور الدين الضرورية التي يجب على المسلم المكلف معرفتها والعمل بها كفرض عين، ومنها ما هو صناعة نخب ما بعد مرحلة التعليم الأساسي، وهي كالتالي:

1. برنامج حلقات التربية والتعليم للأطفال والفتيان والناشئة من الذكور والإناث، يمر الطالب في هذا البرنامج بمراحل وهي:
   المرحلة الابتدائية: وهي مرحلة تعليم أساسي للطلاب يتعلّم فيها أمور الدين الضرورية التي تجب على المسلم كفرض عين، وفيها ستة مستويات تبدأ، من عمر 6 حتى 11 سنة.
   المرحلة الإعدادية والثانوية: وهي مرحلة تعليم متوسط وثانوي، وفيها ستة مستويات، تبدأ من عمر 12 حتى 17.
2. برنامج تعليمِ النِّساءِ: هو برنامج تعليمي لطالبات الإناث من عمر 18 فما فوق،
3. برنامج تحفيظ القرآن الكريم: وهو برنامج نخبوي يعنى باستقبال الطلاب المتميزين المتخرجين من المرحلة الابتدائية والراغبين بحفظ كامل القرآن الكريم، بالإضافة إلى تعزيز مستوى الارتباط بالقرآن الكريم من جهة التدبر والفهم، وفيه ثلاثة مستويات علمية، مدّته ثلاث سنوات.
4. برنامج الإقراء: وهو برنامج نخبوي يعنى باستقبال الطلاب المتخرجين من المرحلة الابتدائية، أو الإعدادية والثانوية الحافظين للقرآن الكريم والراغبين بتحصيل الإجازة في سند القرآن الكريم من مقرئ مجاز.
5. برنامج تعليم القرآن والسنة: هو برنامج نخبوي وعلمي رائد، يعنى باستقبال الطلاب المتخرجين من المرحلة الابتدائية، أو الإعدادية والثانوية، يهدف إلى الاستهداء بالقرآن والسنة، وبناء طلاب علم متمكنين في علوم القرآن والسّنة واللغة والفقه، وفق مسارات متعددة على يد طلاب علم متخصصين.